La evolución de los murciélagos no está del todo clara. Hasta hace relativamente poco, se pensaba que podrían estar más estrechamente relacionados con los primates (véase la hipótesis de los primates voladores), pero parece poco probable.
Ahora, están agrupados con Laurasiatheria, un grupo que incluye topos y ballenas, pero es un grupo hermano de Euarchontoglires, que incluye roedores y primates. El ancestro común se vería como un mamífero genérico trepador de árboles, algo así:
“Reconstrucción en vivo de Cretophasmomima melanogramma – journal.pone.0091290.g007” por S. Fernández – Wang M, Béthoux O, Bradler S, Jacques FMB, Cui Y, et al. (2014) Under Cover en Pre-Angiosperm Times: Un insecto fasmatodiano envuelto del Cretácico temprano Jeota Biota. PLoS ONE 9 (3): e91290. doi: 10.1371 / journal.pone.0091290. Licenciado bajo CC BY 2.5 a través de Wikimedia Commons – Archivo: Reconstrucción en vivo de Cretophasmomima melanogramma – journal.pone.0091290.g007.png
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