Si la nave espacial estuviera fría e inerte, sería difícil de detectar. Creo que tendría que ser detectado visualmente. No lo sé, pero creo que podría pasar desapercibido. La luna joviana más pequeña conocida tiene aproximadamente 2 km de diámetro, mucho más grande que la ISS. Júpiter probablemente (?) Tiene lunas más pequeñas que no podemos ver.
Apuesto a que sería más notable en una órbita más baja, donde podría verse en silueta, que en una órbita exterior. Los astrónomos miran a Júpiter a veces, pero no siempre miran al espacio vacío cercano.
Sin embargo, si alguno de los equipos de la nave espacial seguía funcionando, probablemente sería bastante fácil verlo por su firma de calor, y probablemente difícil de ocultar. Incluso un soporte vital mínimo debería generar suficiente calor residual para ser detectable. Cualquier tipo de motor o reactor debería ser obvio.
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Si resulta demasiado difícil ocultar el barco en órbita, considera esconderlo en la luna. (O asteroide, o cometa.) Un barco abandonado en la luna sería mucho más difícil de detectar. Si fue camuflado intencionalmente, aún sería más difícil. Los extraterrestres pueden enterrarlo profundamente, haciendo que sea casi imposible de encontrar, o incluso simplemente palear un milímetro de tierra lunar y polvo encima para que se mezcle. (Si hubiera estado en esa luna durante mucho tiempo, podría naturalmente se han cubierto con polvo lunar, sin ocultarlo a propósito.) El hielo podría ser otra forma de ocultarlo, o el hielo sucio sería aún mejor, pero el hielo no dura para siempre en el vacío.
También sería posible ocultar una nave espacial en órbita dentro de una gran masa de material lunar, como enterrarla en una luna, excepto que sería una luna artificial. No veo ninguna ventaja sobre solo estacionarlo en una luna real, pero eso podría ajustarse mejor a la factura dependiendo de lo que requiera la historia.
Un problema podría ser, una nave espacial abandonada estaría sujeta a frecuentes impactos de micrometeoritos y ocasionales impactos más grandes. Una roca del tamaño de una pelota de golf que golpee la EEI haría un desastre, muy posiblemente destruyéndola, pero incluso una continua formación de polvo por siglos la destruiría o dañaría. Así que creo que millones o incluso miles de años en el sistema solar interno serían un problema. Razón de más para enterrarlo en una luna, donde solo unos centímetros de tierra lo protegerían de las cosas más pequeñas y comunes.
