¿En qué se diferencian los caballos en miniatura de los ponis?

La respuesta de Daniel casi lo cubre. Visto sin nada cerca para usar para la comparación de tamaño (o en un entorno donde todo, como cercas y dependencias también se reducen), un mini con excelente conformación puede parecerse mucho a un caballo.
He oído que los caballos en miniatura tienen un gen de “reducción de tamaño dominante”, pero no puedo confirmarlo con autoridad. Espero que no sea cierto, ya que parece implicar que la raza continuará disminuyendo. No me han entusiasmado las falabellas extra pequeñas que he visto, muchas de las cuales tienen una conformación inquietantemente pobre.
Solo he tenido un caballo en miniatura … y ocho ponis pequeños. Desde esa experiencia completamente unilateral, puedo informar honestamente que ninguno de los ponis se acercó al nivel de inteligencia, creatividad, atletismo, memoria, capacidad de unión y ‘personalidad’ del mini. Tampoco ninguno de mis caballos. Otros propietarios de caballos en miniatura me han dicho lo mismo, pero eso no lo convierte en una característica de la raza. Siempre me maravillaré de mis recuerdos de mi mini: era mucho caballo en un paquete pequeño. Él logró cosas que incluso a mí me cuesta creer que realmente sucedieron (¡aunque lo vi hacerlo!) Y me ayudó a lograr cosas que nunca hubiera creído que podría hacer.
¡Gracias por agitar esos recuerdos con tu pregunta!

Principalmente en proporciones. Un pony tiende a ser de extremidades cortas, pero retiene el gran cofre de un caballo, mientras que un caballo en miniatura, como el Falabella, tiene forma de caballo, en todas las dimensiones, excepto en la escala.