Cuando los grandes carnívoros comen otros animales, presumiblemente también consumen el tracto intestinal. ¿No los afectan los patógenos como E. coli?

Esto puede explicarse por lo siguiente:
1. La mayoría de las bacterias intestinales no son patógenas. E. coli en sí misma generalmente no es patógena para responder esa parte de su pregunta.
2. Una gran parte de la bacteria ingerida será eliminada en el ambiente de bajo pH del estómago.
3. Cualquier bacteria oportunista restante debe ser bloqueada por el sistema inmune innato.
Esto supone que los depredadores consumen el tracto gastrointestinal, lo que supongo que es más raro de lo que piensas. Realmente no habría mucho valor nutritivo en el consumo de un intestino grueso especialmente. Mi conjetura sería que el olor repelería a muchos depredadores porque aún habría algún riesgo de contraer infección si las bacterias se consumieran en cantidades demasiado altas. (Como en el colon). Se pueden seleccionar depredadores que eviten estas partes.
Sin embargo, otros componentes de las entrañas pueden ser comestibles debido a las razones mencionadas anteriormente.

Nota: Aunque la mayoría de las bacterias intestinales no son patógenas mientras están en los intestinos, se debe evitar que se ubiquen en otros lugares del cuerpo porque aún pueden tener actividad patógena si se les permite colonizar otras partes del cuerpo.

Los grandes carnívoros tienen increíbles sistemas de digestión que incluyen estómagos que producen jugos digestivos ácidos extremadamente potentes seguidos de potentes líquidos alcalinos pancreáticos neutralizantes y del intestino delgado.

Las bacterias consumidas al comer los intestinos de sus presas generalmente se matan a medida que viajan a través del intestino del depredador.

Los grandes carnívoros generalmente dejan las entrañas para los carroñeros (excepto los súper sabrosos fetii en el útero, o los pulmones y otras mollejas). El tracto intestinal se queda atrás, porque está mayormente lleno de materia vegetal y mierda, en lo que los carnívoros no están tan interesados.