¿Hay algún fenómeno natural que aparentemente desafíe las leyes de la física?

La palabra clave aquí es aparentemente .

La existencia misma de la materia en el Universo desafía nuestras expectativas sobre cómo debería comportarse el Universo. Todos nuestros modelos del Universo temprano indican que la materia y la antimateria deberían haberse formado en cantidades iguales. Sin embargo, si eso hubiera sucedido, se habrían aniquilado entre sí y el Universo no contendría nada más que radiación. Obviamente, esto no sucedió, lo que significa que algún mecanismo favoreció la producción de materia sobre la antimateria.

No sabemos cuál es ese mecanismo. Cuando alguien se dé cuenta, los científicos actualizarán sus modelos en consecuencia, y la existencia de la materia ya no será una violación aparente de la comprensión de los científicos del Universo.

Yo diría que lo mismo es cierto para todos esos fenómenos. Si algún fenómeno aparece desafía las leyes de la física, indica que (A) no entendemos completamente el fenómeno, o (B) necesitamos revisar nuestras leyes.

En general, cuando se hace una observación sorprendente (y se publica), los científicos saltarán con varias hipótesis sobre cómo podría explicarse. Pero eso no es lo mismo que tener esas hipótesis integradas en el marco teórico que usted describe como las “leyes de la física”. Eso generalmente requiere experimentación para probar las hipótesis. Entonces, sí, los nuevos descubrimientos a menudo pasan algún tiempo después del descubrimiento “desafiando las leyes de la física” hasta que las hipótesis que explican el descubrimiento se prueban y confirman. Cuando lo son, se convierten en parte de las “leyes de la física” y ya no las desafían.

Probablemente el ejemplo reciente más interesante sería la expansión acelerada del universo. (y no, no estoy mencionando esto solo porque el profesor Saul Perlmutter de mi alma mater, UC Berkeley ganó el Premio Nobel por descubrirlo).

No.
Si alguno desafiara una ley en física, la ley no sería una ley. Tendríamos que reescribir la ley.
Hay leyes que solo son ciertas bajo ciertas condiciones conocidas, como las Leyes de movimiento de Newton que se descomponen a altas velocidades. Pero seguimos llamándolas leyes porque funcionan para velocidades de tipo humano.
Hay muchas cosas que desconciertan a los físicos y aún no se pueden explicar, pero esa es una pregunta diferente.