No, las tortugas ninja mutantes adolescentes son, y siempre han sido, mutantes.
Sin embargo, leí un fanfiction en http://fanfiction.net escrito por AussieTurtle (https://www.fanfiction.net/u/436…) que escribió un fanfiction donde, una larga historia corta (literalmente, jaja), eran extraterrestres, mientras que Splinter era un mutante que vivía miserablemente en las alcantarillas después de ser mutado, hasta que encontró y confundió a las tortugas como mutantes.
Escuché la idea de que estaban en una película donde iban a ser extraterrestres (pero hubo demasiada reacción de la mayoría de los fanáticos, por lo que nunca sucedió), pero no recuerdo cuándo. Recuerdo en broma haberle enviado a AussieTurtle un mensaje diciendo que los productores / escritores estaban “estafando su idea”.
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Pero, respuesta corta, no. Las tortugas ninja mutantes adolescentes son mutantes, no alienígenas.