No lo sabemos con certeza. Esto es lo que sabemos.
La explicación clásica
Una de las primeras escuelas de pensamiento propuso que las serpientes perdieron sus patas como castigo por engañar a Adán y Eva. Esa idea ha sido abandonada por falta de evidencia científica.
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La explicación acuática
Una hipótesis más reciente propone que las serpientes perdieron sus extremidades porque se interpusieron al nadar. Muchas serpientes modernas son buenos nadadores.
Según esta hipótesis, los párpados fusionados y transparentes de las serpientes evolucionaron para combatir las condiciones marinas (pérdida de agua corneal por ósmosis), y las orejas externas se perdieron porque no funcionaban bajo el agua. Los estudios de anatomía esquelética sugieren que las serpientes están relacionadas con los mosasaurios, lagartos marinos de la era del Cretácico. Ambos, por ejemplo, tienen mandíbulas sueltas para tragar presas grandes (La evolución de las serpientes).
Pero los mosasaurios, como otros animales marinos que respiran aire, conservan las extremidades anteriores. Además, los primeros fósiles de serpientes tenían patas traseras pero no extremidades anteriores. Esto es lo opuesto a los mosasaurios, los delfines y las ballenas, que retienen las extremidades anteriores y tienen poco o nada de patas traseras (Estudiar cómo las serpientes no tienen patas – BBC News).
La explicación de madriguera
Otra hipótesis sostiene que las serpientes perdieron sus extremidades porque se enterraron en el suelo y las piernas se habrían interpuesto en el camino. Las extremidades probablemente solo dificultarían la locomoción mientras se excava o se mueve a través de túneles estrechos bajo tierra (Gans 1975).
Un obstáculo para aceptar esta hipótesis es que los animales excavadores, los lunares, generalmente tienen extremidades delanteras fuertes. Los necesitan para empujar la tierra. Las serpientes excavadoras tendrían que hacer lo mismo si necesitan viajar cualquier distancia.
Algunas serpientes pueden cubrirse con arena para esconderse, pero no pueden viajar utilizando esta técnica.
Puedes obtener pistas buscando otros animales que hayan perdido las patas. Resulta que varios lagartos evolucionaron independientemente esta condición y algunos, pero no todos, son excavadores (http://www.wienslab.com/Publicat…).
De acuerdo con la teoría de la madriguera, la mayoría de los lagartos que viven parcialmente bajo tierra tienen extremidades pequeñas o nulas.
Algunos anfibios, los cecilios, también evolucionaron sin patas. Se ganan la vida excavando bajo tierra en el suelo, o moviéndose a través de la hojarasca en el suelo del bosque (Caecilians).
La explicación de natación de hierba
Una hipótesis que muy pocas personas mencionan es que las extremidades se perdieron para que sea más fácil moverse entre la hierba y la vegetación áspera en la superficie del suelo. Desde este punto de vista, las serpientes y los lagartos sin extremidades podrían describirse como nadadores de césped. Cualquiera que haya encontrado una serpiente o un lagarto sin patas te dirá que puede moverse rápida y fácilmente a través de una espesa vegetación y terreno accidentado.
Esta hipótesis es atractiva, pero no podemos decir con certeza si es cierta. En la actualidad, no hay evidencia sólida que demuestre las ventajas de una forma de cuerpo alargado y de extremidad reducida para moverse en vegetación densa o bajo tierra.
Fuentes
Puede obtener más información aquí: La evolución de las serpientes y http://www.wienslab.com/Publicat… y Serpiente de cuatro patas sacude el árbol genealógico de Squamate – ¿O sí? – Science Sushi