Las principales diferencias son:
Las aves son endotérmicas en lugar de ectotérmicas. Esto significa que producen su propio calor corporal en lugar de depender del medio ambiente (no me gusta usar los términos ‘sangre caliente’ y ‘sangre fría’ porque en un día cálido, los reptiles no tienen sangre fría).
Algunos reptiles, como la tortuga laúd, pueden producir calor corporal, pero no es un sistema tan modificado como lo es para las aves.
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Las aves tienen un corazón de cuatro cámaras que, entre los reptiles vivos, solo tienen cocodrilos. Los otros tienen corazones de tres cámaras, con una separación pobre entre los ventrículos.
Las aves tienen plumas, así como escamas. Otros reptiles tienen escamas pero no plumas.
Las aves no tienen dientes, con un pico en su lugar. La mayoría, pero no todos, los reptiles tienen dientes, excepto las tortugas y algunos otros.
Los huesos de la cola de un pájaro han sido reducidos y comprimidos en una pequeña protuberancia llamada pygostyle. La mayoría de los reptiles tienen vértebras de cola normales, aunque algunos gecko también tienen pequeñas colas.
La mayoría de las aves muestran una buena cantidad de cuidado por sus crías, lo cual es inusual entre los reptiles con solo unas pocas excepciones. Los crocodilianos son el único reptil que cuida a sus crías comunes en todo el grupo.
Los huevos de aves tienen un espacio aéreo (inusual entre los reptiles, aunque los huevos de cocodrilo se desarrollan uno tarde en la incubación) y deben girarse durante la incubación, mientras que los huevos de reptiles no.
Vale la pena señalar aquí que, entre los reptiles, los crocodilianos están más estrechamente relacionados con las aves que con los lagartos porque comparten un ancestro común: los archosaurios.
