Las Algas Verdes Azules / Cianobacterias son el primer organismo que inició la fotosíntesis, hace unos 3.500 millones de años. La oxigenación de la atmósfera comenzó debido a BGA. Sin embargo, más tarde evolucionaron muchas otras especies de fitoplancton, algas verdes, dinoflagelados, cocolitóforos, algas diatomeas, etc., y el papel de BGA se ha reducido.
Hoy en la mayoría de las vías fluviales, BGA juega un papel negativo. No son el alimento natural para el zooplancton y los peces, por lo que crecen y se acumulan en los lagos y océanos. Cuando grandes floraciones de BGA mueren / se estrellan, el nivel de oxígeno disuelto disminuye y, a veces, se produce una muerte masiva de peces.
Algunas especies de BGA, como Microcystis, son tóxicas, estas son bastante comunes en estanques de acuicultura y lagos y estanques contaminados.
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La espirulina es un BGA rico en proteínas y micronutrientes y se utiliza como suplemento alimenticio.
